علما و بابیت اولین عالمی که می‌توان در تاریخ ایران یافت که با مکتب شیخیه که رویشگاه تفکر بابیت بوده مبارزه کرده، «حاج ملا محمد تقی قزوینی» (برقانی) بوده است که بعد از سفر شیخ احمد احسائی و آشنایی با نظرات جدید او در مورد معاد، که معاد را جسمانی نمی‌دانست بلکه معاد را بصورت «جسم هور قلیائی» که شبیه عالم مثال و برزخ است، می‌دانست آن هم در همین بدن، حکم به تکفیر او داد و سپس در شهرهای دیگر ایران نیز علمای شیعه همین عمل را انجام دادند و وی را تکفیر کردند که ضربه محکمی بود به آبرو و شخصیت و جایگاه شیخ در ایران که منجر به بازگشت او به عراق گردید. (زاهد زاهدانی - پیشین صفحه 122) مبارزه حاج ملا محمد به اینجا ختم نمی‌شود وی از برادرزاده خود یعنی قره العین که از بزرگان بابیت نیز محسوب می گردد اعراض کرده و به مخالفت با وی می پردازد و چنانچه در کتاب قصص العلماء آمده است سرانجام بدست همین گروه به شهادت میرسد و به شهید ثالث معروف می گردد. بعد از او نیز علمای بسیاری با علی محمد باب و تفکر او مقابله کردند که از آن جمله می‌توان به جلسات مناظره علما با وی در شیراز و تبریز اشاره کرد که در تاریخ بهائیان! و غیر بهائیان مفصلاً توضیح داده شده است و علی محمد بعد از عاجز شدن در پاسخ گویی به سئوالات علما بارها اقرار به عجز خود کرده و توبه کرده است. از آن جمله است این اعتراف اشراق خاوری در کتابش که می‌نویسد: «حضرت باب در حضور امام جمعه شیراز رو به جمعیت کرد و گفت: لعنت خدا بر کسی که مرا وکیل امام غائب بداند!» (اشراق خاوری – پیشین صفحه 141) اما اولین عالمی که حکم به اعدام بابیان داده است، سعید العلماء است. سعید بن محمد معروف به سعید العلما متولد بابل (بار فروش سابق) است به نوشته علامه حاج آقا بزرگ تهرانی صاحب «الذریعه»، وی از بزرگان علماء و اکابر فقها بوده است. وی برای مبارزه با بابیت که با حمایت روس تزاری در بابل رخنه کرده بودند از حوزه علمیه نجف به این شهر باز می‌گردد. نبیل زرندی که از بهائیان سرشناس محسوب می‌شود در کتاب تاریخ خود می‌نویسد: «خبر توجه ملا حسین بشرویه‌ای با همـراهان و نزدیک شدنشان به بار فروش(بابل) به گوش سعید العلما رسیـد، به خصوص وقتی که سعید العلما شنید ملا حسین از مشهد با پرچم سیاه همراه عده ای از اصحابش به سوی بار فروش می‌آیند (یعنی مدعی‌اند که یاران امام زمان که باب باشد هستند) ... پس از ورود سعید العلما به بابل، او جارچی در شهر انداخت و به مردم اعلان کرد که در مسجد حاضر شوند ... بالای منبر رفت ... و گفت: ای مردم بیدار شوید، دشمنان ما در کمین هستند، می‌خواهند اسلام را از بین ببرند و مقدسات اسلامی را محو کنند ... همه شما فردا حاضر باشید و خود را مهیا کنید تا جلو این گروه را بگیرید.» لذا سعید العلما با اعلام جهاد، مردم را بر ضد آنها بسیج نمود، به طوری که موجب قلع و قمع آنها در همان منطقه گردید. (محمد محمدی اشتهاردی – پیشین صفحات 86 الی 88) برخورد آیت الله بروجردی و حجه الاسلام فلسفی بعد از شهریور 1320 در فضای باز سیاسی دوره شاه جوان موقعیتی استثنایی پیدا شد برای سازمان‌های غیر دولتی از جمله حزب توده، بهائیان، کسروی و امثالهم. در نتیجه بخش عمده ای از توجه و تلاش علما صرف باز ستاندن اماکن اشغال شده دینی، احیاء شعائر مذهبی، رفع منع حجاب و مبارزه با تبلیغات ضد اسلامی گروه‌های مزبور، بویژه بهائیان گردید. اموری که از صبغه سیاسی خالی نبود و موجب رنجش و نگرانی علما و مردم متدین گردید. مرحوم علامه دوانی می‌نویسد: «در سالهایی که فرقه ضاله بهائی، فعالیت خود را در بروجرد به خصوص در ادارات دولتی تشدید کرده بودند، معظم‌ له مجدانه به مقابله پرداختند. سعی ایشان در ابتدای امر بر این بود تا از راه‌های قانونی جلو فعالیت های آنها را که روز به روز بیشتر می‌شد و حتی بدانجا رسیده بود که یکی از مدارس دینی شهر را تخریب و به جای آن دبیرستانی بنا نهادند، سد کنند. ولی زمانی که بی‌توجهی و مسامحه مرکز را در این مورد مشاهده نمودند، خود مستقلاً دست به کار شده و به عنوان اعتراض به این امر از شهر خارج شدند. خبر عزیمت ایشان در اندک مدتی مردم شهر و نواحی را به تظاهرات و اجتماع در تلگرافخانه واداشت. دولت پس از مشاهده این اوضاع، احساس خطر نمود و سعی در مراجعت ایشان به شهر می‌نماید. بزودی محافل و مجالس آشکار بهائی ها تعطیل و افراد منحرف از ادارات شهر منتقل می‌گردند و ایشان با عزت تمام به شهر مراجعت می نمایند.» (علی دوانی – مفاخر اسلام جلد 12- انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی 1377 تهران صفحه 109) پس از کودتای 28 مرداد و سرکوب احزاب و جمعیت های سیاسی و مذهبی همچنان که ذکر شد، نفوذ بهائیان در دستگاه‌های دولتی گستـرش یافت تا آنجا که «عبدالکریم ایادی» (از خانواده قدیمی و متنفـذ بهائی) پزشک مخصوص و محرم اسرار شاه شد. ارتشبد حسین فردوست در خاطرات خود ضمن ارائه اطلاعات ارزشمندی راجع به میزان نفوذ و قدرت او و بهائی‌ها در دربار، دولت و ارتش پهلوی، او را «سلطان واقعی» و بدون تاج و تخت و «راسپوتین ایران» می‌نامد که بیش از هشتاد شغـل پولسـاز داشتـه است. نفوذ روز افزون این فرقه در دستگاه‌های دولتی موجب خشم مردم و علما به خصوص آیت الله بروجردی گردید و شاه مجبور شد با خواسته ایشان موافقت کند و نفوذ بهائیان را محدود نماید. در خرداد 1333 آیت الله بروجردی از حجت الاسلام فلسفی در خواست کرد با شاه دیدار کند و او را در جریان عواقب سوء تبلیغات و اقدامات بهائیان قرار دهد. (حسین فردوست – پیشین صفحه 374 و 375) در تیرماه 1344 طی نامه‌ای به نخست وزیر ضمن پیگیری ناقص او در اجرای نظریات خود که به شاه رسیده بود، متذکر می‌شود که در صورت عدم پاسخگویی قوانین موجود، قوانین لازمه را در مجلس تصویب کنند تا رفتار این فرقه دوباره تکرار نشود. (محمد تقی فلسفی – خاطرات و مبارزات انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی 1377 تهران صفحه 189 و 190) اما بعد از کوتاهی دولت، مرحوم فلسفی تصمیم گرفت در رمضان 1334 در سخنرانی‌های خود که مستقیماً از رادیو پخش می‌شد به افشای خطر سیاسی بهائیان در کشور بپردازد و پیش از این کار با آیت الله بروجردی مشورت کرد و شاه را نیز در جریان کار خود گذاشت و از وعاظ تهران هم خواست که در منابر حساس ماه رمضان، یکصدا بر خطر رسوخ بهائیان در اداره امور کشور تاکید و به مردم هشدار دهند. این اقدامات را با وجود تهدیدات عَلَم وزیر کشور شاه انجام داد. (عبدالرضاهوشنگ نهاوندی– گفتگوهای من با شاه (خاطرات محرمانه اسدالله علم) انتشارات طرح نو1371 تهران صفحه66) همین روشنگری‌ها و کوتاهی و بی‌تفاوتی مسئولین کشور به نفوذ بهائیان موجب انزجار و نفرت عمیق و وسیع مردم مسلمان نسبت به بهائیت گردید و در عید فطر همان سال خروشیدند و تظاهرات پرشکوهی علیه بهائیان به راه انداختند. رژیم که انتظار چنان واکنش گسترده‌ای را از سوی مردم نداشت، ناچار با آنان همصدا شد و پیش از اینکه کنترل امور را از دست بدهد، وارد عمل شد و مراکز بهائیان را قبل از تصرف از سوی مردم، اشغال کرد. البته در اعلامیه‌ها و سخنان مقامات دولتی، به جای تأکیـد بر «تصـرف» حظیره القدس مرکز بهائیان (تالار اندیشـه کنونی واقع در خیابان حافـظ نبش سمیه) و سایـر مراکزشان، همواره از واژه «اشغال» استفاده می‌کردند که اعتراف تلویحی به مالکیت این فرقه برآن مراکز را در بر داشت. به عبارت دیگر دولت با اشغال این مراکز از تصرف و تخریب آنها در مقابل خشم مردم مسلمان حفاظت نمودند. ((در اعلامیه‌ها و سخنان مقامات دولتی، به جای تأکیـد بر «تصـرف» حظیره القدس مرکز بهائیان (تالار اندیشـه کنونی واقع در خیابان حافـظ نبش سمیه) و سایـر مراکزشان، همواره از واژه «اشغال» استفاده می‌کردند که اعتراف تلویحی به مالکیت این فرقه برآن مراکز را در بر داشت)) به دنبال این اقدام در ابتدا موجب خوشحالی و رضایت مردم و علما گردید. بطوری که در 20 اردیبهشت همان سال 5 تن از علمای تهران برای ابراز تشکر از اقدام شاه در بستن حظیره القدس برای ملاقات با شاه به کاخ مرمر رفتند و آیت الله میر سید محمد بهبهانی در تلگرافی از شاه تشکر کرد و در تلگراف دیگری به آیت الله بروجردی آن روز را برای مردم عید واقعی دانست.( محمد تقی فلسفی – پیشین صفحه 193 و 194) آیت الله بروجردی نیز در نامه‌ای به آقای فلسفی ضمن تقدیر و تشکر از ایشان به ادامه مبارزه و مقابله جدی با بهائی‌گری تأکید کرد؛ در این نامه آمده است: «خدمات پر قیمتی را که این چند روزه نسبت به دیانت مقدسه اسلام، بلکه مطلق دیانت و نسبت به قرآن کریم بلکه مطلق کتب سماوات و نسبت به استقلال مملکت حفظ مقام سلطنت و دولت و ارتش و تمام افراد ملت ایران و مسلمانان جهان انجام داده اید و مقداری از پرده ضخیمی را که یک حزب سیاسی به اسم مذهب بهائی روی منویات خود گسترده و متجاوز از سالها در حدود صد سال است که با تشکیلات منظم و صرف پولهای گزاف مجهول المخزن و تبلیغات دامنه دار خود علناً بر ضد مذهب رسمی مملکت که بالطبع موجب وحدت ملیت است و سرا علیه سلطنت و حکومت کوشش می کنند، بالا زده و مقداری از آنها را مکشوف نموده‌اید؛ موجب مسرت حقیر و عموم مسلمانان، بلکه مسرّت حضرت ولی عصر ارواحنا فداه می‌باشد.» (همان منبع صفحه 195) اما برغم انتظار علما در پیگیری مساله و انجام اقداماتی عملی در این باره دولت پس از ماه رمضان هیچ اقدامی نکرد و طرح تعدادی از نمایندگان مجلس شورای ملی برای تصویب طرح غیر قانونی شناختن فرقه بهائی و اخراج آنها از ادارات دولتی نیز به بهانه «مطالعه و بررسی کامل» با فشار لابی بهائی و رؤسای جمهور آمریکا و انگلیس و نخست وزیر دولت هند و شخص رئیس مجلس شورای ملی یعنی سردار فاخر حکمت، ناکام ماند و مدتی بعـد در حالیکه تنها گنبـد حظیره القدس را خراب کرده بودند به اضافه دیگر مراکز بهائیان از اشغال فرمانداری نظامی آزاد و به بهائیان باز گردانیده شد. (علی دوانی – نقد عمر (زندگی و خاطرات علامه دوانی) انتشارات رهنمون 1382 تهران صفحه 215 و 216) هر چند که آیت الله بروجردی از سالها پیش به این نتیجه رسیده بود که رژیم پهلوی به دلیل نفوذ بهائیان در دستگاه‌های دولتی و وابستگی رژیم به قدرت‌های خارجی، جرأت اقدام لازم علیه بهائیان را ندرد و لذا از آن مأیوس شده بود، اما تا پایان عمر مبارزه با بهائیان از دغدغه های اصلی وی بود. در یکی از اسناد گزارش اطلاعات داخلی رژیم آمده است که: «در سال 1339 شمسی آیت الله بروجردی در دیدار آیت الله سید محمد بهبهانی پس از ذکر موارد متعددی از خلاف‌های شاه و دولت از وی خواست تا از باب هشدار و تذکر به شاه پیام دهد و اگر اثری نکند مجبور است اقدامات شدیدتری که همراه با تظاهر باشد انجام دهد و به علمای ولایات هم دست خطی خواهد نوشت و اقدامات شدیدی خواهد کرد.» (محمد تقی فلسفی – پیشین صفحه 491) آیت الله بروجردی علما و وعّاظی را نیز همچون مرحوم آیت الله حاج میرزا ابوالفضل زاهدی، علی اکبر تربتی و شیخ مرتضی انصاری از وعاظ شهیر و جمعی دیگر از مبلغان را برای ضربه زدن به بهائیت به شهرستان‌های دور و نزدیک فرستاد. از جمله این اقدامات تحریم نوشیدن پپسی کولا توسط مردم بود که مالک آن حبیب ثابت پاسال میلیونر بهائی بود که شایع شده بود اعلام کرده است از درآمد هر شیشه پپسی ده شاهی (نیم ریال) به محفل بهائیان پرداخت می‌کرده است. (محمد محمدی اشتهاردی – پیشین صفحه 140) و نیز در جریان یکی از سفرهای شاه به شیراز، بعد از زیارت حضرت احمد بن موسی شاهچراغ (ع) که معمولاً بلافاصله پس از ورود شاه به این شهر انجام می‌گرفت، آیت الله سید نورالدین حسینی الهاشمی در مقابل وی دستور دادند که معبد بهائیان واقع در محل خانه سید علی محمد باب که حدود دویست متر از شاهچراغ فاصله داشت تخریب شود. این عمل موجب شد که شاه مسافرت خود به شیراز را نیمه تمام گذاشته به تهران باز گردد. (زاهد زاهدانی – پیشین صفحه 251) در نجف اشرف هم مراجع و علما در پیامهایی به دولت شاه اعتراضات خود را ابراز می‌کردند از جمله آیت الله سید ابوالقاسم خویی که هشدار داد که اگر سردمداران رژیم دست این فرقه ضاله را که از مزدوران هستند کوتاه نکنند باعث اختلاف شده و حوادث و شورش از سوی مردم بروز خواهد کرد. (محمد محمدی اشتهاردی صفحه 140 و 141) یکی از برنامه‌های استعماری بسیار مرموز رژیم سابق با دسیسه آمریکای‌ها برای گماردن غیر مسلمین بخصوص بهائیان برای پستهای مهم کشور از جمله نماینده مجلس، استاندار، فرماندار، شهردار و غیره و رفع منع قانونی آن فرستادن لایحه ای با عنوان «تصویب نامه انجمن ایالتی و ولایتی» به مجلس فرمایشی شورا و بعد از آن مجلس سنا که توسط نخست وزیر وقت اسدالله عَلَم در مورخ 14/7/1341 شمسی رخ داد. ماهیت این قانون سه موضوع بود و آن حذف قید ذکوریت (مرد بودن)، مسلمان بودن و تنها سوگند به قرآن بلکه به جای آن سوگند به کتاب آسمانی باشد. خطیب بزرگ فلسفی در این مورد می نویسد: «هدف آن بود که با اجرای انجمن‌های ایالتی و ولایتی، فرقه ضاله بهائی را به طور قانونی سر کار آورند و از آن به بعد به تدریج فعالیت رسمی آنها برای تصرف تمام اهرم های سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی آغاز شود. زیرا اولاً این تصویب نامه قید اسلام نداشت، بنابراین بهائی، یهودی و مسیحی در ایران با مسلمانان ایرانی هیچگونه فرقه نداشتند؛ ثانیاً سوگند به قرآن، تبدیل به سوگند به کتاب آسمانی شده بود، این معنی راه را برای غیر مسلمانان باز می‌کرد تا یهود و نصاری به کتاب خود سوگند یاد کننند و بهائی ها هم بگویند کتاب آسمانی ما «ایقان» است و به آن سوگند یاد می کنیم و به جای قید ذکوریت کلمه با سواد گذاشته بودند که اعم از زن و مرد است، تا راه را برای انتخاب کردن و انتخاب شدن زنان – که معلوم بود چه زنانی منظور بودند – باز کنند.» (محمد تقی فلسفی – پیشین صفحه 235 و 236)